Yo tengo uno de 1.5Terabytes con dos particiones, una de 1TB y la otra de unos 400 (Dado que no puedes usar todo el espacio del disco como tal) para juegos y aplicaciones, con unos 125 juegos de wii y unos 30 de gamecube y aun asi tengo espacio para muchos mas, los emuladores de SNES y NES van de sobra junto con las aplicaciones en una SD de 2GB que no llegan a ocupar mas de 1GB junto con las caratulas de juegos. Por lo general, recomiendo un tamaño similar o un disco duro de 320GB para quienes me piden piratear una consola, en tu caso, creo que una que se acerque a la mitad del disco duro te vendria ben pero depende mucho de cuanto quieras jugar xD.

En cuanto al formato, si la usaras para aplicaciones y juegos de gamecube, ademas de los juegos de Wii, usa FAT32 (con 32KB de cluster) y la otra particion en NTFS pues recuerda que fat32 limita el tamaño de los archivos que puedes almacenar, y si lo usaras para otro tipo de cosas ademas de juegos, tendras problemas, si solo buscas juegos de Wii puede ser cualquier formato, NTFS, FAT32 e incluso WBFS, en lo personal te recomiendo FAT32