Update: Solucionado, al parecer era el dispositivo, lo logré arreglar con MiniTool Partition Wizard.

Mi dispositivo usb es detectado por homebrew channel pero no muestra nada de lo que esta en apps/, sin embargo, es detectado por USB Loader GX y muestra los contenidos. Nintendon't tampoco muestra lo que hay en el (siendo que si hay juegos en usb/games/, y es de donde cargó los contenidos el USB Loader GX) y Wad Manager da error ret=-2.

Creo que se debe al IOS (58) porque tengo configurado el USB Loader GX para que use el 224 (y al parecer los otros homebrews usan el IOS58), aunque e intentado reinstalar el 58 con Pimp My Wii pero sigue igual, alguna idea o sugerencia?

De antemano gracias! 

EDIT:
Tambien estaba considerando que podía ser el usb, ya que tengo otro que funciona (sin embargo es de 1GB y es muy lento, por lo que parece ser USB 1.X)
Este otro de 16 GB, USB 2.0 (el que no funciona, aunque antes lo hacía) lo tuve que formatear "al maximo" porque probandolo con Nintendon't el dia de ayer termino con datos corruptos
(Con "Al Máximo" me refiero a borrarle los datos con winhex y despues formatearlo desde la terminal/consola (cmd.exe)) 

En caso de que sirva de algo:
sysCheck.scv: http://puu.sh/g4vuX.csv
IOSsyscheck.log: http://puu.sh/g4vti.log

-uhm... lo había publicado en la seccion equivocada :P