Un juego custom deberá de tener diferente ID, y su save game también deberá ser diferente, por ejemplo Mario Kart Wii, existen customs que usan el mismo ID del Mario Kart Original, si por ejemplo, tu tienes un record en una pista de 3 min por decir algo, y con el custom (pista diferente) lo haces en menos de un minuto, cuando uses tu juego original nunca podras ganarle al "fantasma", hasta ahorita es lo mas grave que te pudiera pasar.

Cualquier iso se puede pasar en cualquier formato a la memoria, solo cuida que cumpla con las especificaciones de los loaders.

Saludos