Hola, Con el administrador de discos de windows puedes formatear, particionar o eliminar particiones del Disco sin necesidad de programas externos
Puedes dejarlo todo en una partición Fat32 y ahi meter todo. Roms, Peliculas, Wii, Gamecube, Apps, Mame, etc. para mi es mas rollo tener la estructura de juegos de wii y Game cube Pero adelante.

Saludos

Hola Victor , lo de dos unidades imagino te refieres que lo tienes particionado, pues sino solo apareceria una, a no ser que te interese tenerlo asi, te comento si lo tienes particionado es decir por ejemplo al conectar disco duro (100gb)aparecen C / 80gb y D/ con 20 , no tiene mayor problema(solo que wbfs solo usara una de las particiones o unidades) si lo que quieres es tenerlo todo como una sola unidad tienes que quitar la particion hay muchos programas para hacerlo yo uso : Paragon partition manager , tambien se puede hacer desde windows algo mas tedioso desde administrador de dispositivos / unidades de almacenamiento te recomiendo mires tutoriales online , una vez elimines las particiones formateas en fat 32 el disco duro luego lo abres y formateas  con el wbfs cuando ya te lo tenga reconocido le metes los juegos y ya esta. Un saludo¡¡¡