En realidad estas versiones creo que no añadieron nada, como la actualización 4.2 a 4.3 de Wii, la cual solo servía para eliminar el HBC y las vulnerabilidades que tenía 4.2 (de poco sirvió porque poco tardaron en encontrar otro exploit), de todos modos, actualizar Wii U no afecta en nada a vWii, los cIOS, los saves y los canales se mantienen igual (Fuente: https://bit.ly/2BhWX2o - Hilo de 2014, ignora que digan que no existe ningún hack todavía para Wii U ), de todos modos, en el hipotético caso de que el Homebrew Channel se te desinstalase, puedes volver a instalarlo sin problemas.

Respecto a si funcionan los juegos de Wii U, yo la mía la tengo en 5.5.4 y no hay ningún problema, los juegos funcionan perfectamente.