Responderé a tus preguntas en orden:

1) Que mi Wii lea juegos piratas desde el lector interno de la consola me dejó confundido, ¿Esto quiere decir que mi Wii tiene un hack físico con chip?

Respuesta: No necesariamente. Es posible que tengas un chip, si a eso te refieres con hack fisíco, pero también es posible que tenga una modificación que permite a tu consola cargar juegos desde el canal disco. En su momento se utilizaba bastante, pero aún no se conocía la carga a través de USB y luego eso quedó obsoleto por decirlo de alguna manera. Para saber si es hack por software bastaría con realizar algunas pruebas.

2) Quiero actualizar mi consola a la última versión, pero leí por ahí que si la actualizo estando pirateada puedo brickearla, ¿Qué puedo hacer?

Respuesta: No es cierto del todo. En la versión que estás, aunque esté modificada, si actualizas solamente te va a borrar las modificaciones que tienes hechas de manera interna y listo. Lo que podría causarte un brick por actualización sería que tu consola no fuese de la región que se indica en su sistema, por ejemplo, yo tengo una consola que dice que es 3.2u, pero tiene procedencia PAL y fue, mediante software, convertida para funcionar en sistemas NTSC. Si actualizas ahí si podrías tener un brick, pero existen pruebas a realizar antes de llegar y hacerlo para corroborar eso. No hay de qué alarmarse.

3) ¿Cómo puedo eliminar todo el hack en su totalidad sin que queden residuos de nada?

Respuesta: Es posible hacerlo, tengo un vídeo acerca de eso y paso a paso pero lo ideal es que tengas la consola actualizada a la 4.3, ya que uso apps que funcionan con la última versión del homebrew channel y esa versión para hacerlo todo mucho más rápido.

4) No entiendo nada de los términos que se usan en este foro, como: IOS, cIOS, WADS, Waninkoko, Hermes, d2x, Priiloader, etc. NADA, no entiendo nada:(

Respuesta: Es normal, pero todo tiene solución. Te dejo un enlace a un apartado en la comunidad donde existe un diccionario de términos que se usan para que cuando leas esa palabra la busques y encuentres lo que significa, así te irás interiorizando de a poco con todo.

https://cutt.ly/3mPKGiv

Lo que buscas es posible, pero hay que hacer las cosas por pasos para que todo funcione bien. 

Saludos.