Primero tratemos de descartar que sea un error de tu USB o de tu loader, a veces una configuración hace que eso pase. 

Intenta usar un loader diferente al que usar, por ejemplo USB Loader GX, CFG USB Loader, Wiiflow, Neogamma, etc. Si en todos pasa lo mismo que solo reconoce ciertos títulos, entonces el error viene de tu memoria, lo que puedes hacer es sacar los juegos y volver a formatearla, o manualmente revisar si algun juego no está correctamente insertado. Intenta volver a poner los juegos con WiiBackup Manager o cambiar el formato de la memoria.

Si en los demás loaders se ven todos los juegos, entonces intenta volver a poner los ajustes del loader a Default o directamente borra sus datos de guardado o de configuración, si este es el caso esto debería resolver el problema.

Saludos.