Hola, actualizar la consola en sí no es malo. Para la scene obviamente sí va a ser malo, ya que la quita, pero la consola no sufre ya que Nintendo no banea a sus usuarios con consolas modificadas. Lo más probable es que el chip deje de funcionar (no, no estropea la consola, sólo el chip dejará de leer juegos piratas), y ese canal del juego de Mario, si es pirata, no necesariamente dejará de funcionar, aunque no te lo garantizo tampoco, pero no debería borrarse.

Lo recomendado sería que quites el chip y actualices, y después realices el desbloqueo por software. Aunque ambos tipos de desbloqueo (chip+software) se pueden tener juntos sin ningún problema, el chip no te servirá de nada porque dejará de operar, además que es un método de desbloqueo más que obsoleto. Y si ese canal dejara de funcionar, puedes buscar el WAD en Google y volver a instalarlo, así como otros juegos del mismo estilo.

Saludos.