Respuestas:

1. Los loaders estan diseñados para convivir entre sí, por lo que no hay problema en que utilices ambos o reemplaces el anterior.
2. El USB que mencionas se encuentra en formato WBFS, este formato no es leido por Windows, es por eso que pide ser formateado. Para ver su contenido y administrar los backups utiliza el programa Wiibackups Manager, el que encontraras aquí mismo en la web.
3. Para conseguir mas juegos, puedes buscarlos en Google preferentemente en formato ISO o WBFS, también puedes copiar los discos fisicos a tu dispositivo con una aplicación para ello.
4. Si formateas la consola borraras el tablón de mensajes,  las partidas guardadas y los canales no firmados. No recomiendo el formateo, ya que esta acción comúnmente trae mas perjuicios que beneficios.