No hay problema si actualizas, pero la actualizacion que te pone al conectarte al wifi no sirve para nada a esa solo dale que No. Ahora sobre tu problema con las app, ¿si tienes las apps en el usb o sd que usas para cargarlas?, recuerda que las apps se ejecutan desde dicho dispositivo si no los tienes no te apareceran. La otra es checar que tengas todos los cIOS instalados para la carga desde usb para ello necesitas la app Syscheck y crear un reporte (al usar la aplicacion te crea un archivo llamado syscheck en la raiz de la sd/usb) lo abres con bloc de notas y copia-pega aqui como respuesta.

Las apps te deben aparecer si o si en el Homebrew Channel, el dispositivo que uses para meter las app debe estar en Fat32 - 32kb de cluster, en caso de que sea menor de 2gb dejar el cluster predeterminado.