Si, siempre debes tener el dispositivo con las apps que utilices, ya sea que uses sd (de preferencia) o un usb. Los canales son solo accesos directos para la aplicaciones que se almacenan en la carpeta apps, asi que si instalas el canal pero borras la carpeta de la aplicacion el canal no funcionara. Los juegos en formato wad una vez instalados puedes eliminarlos, pero se recomienda que si quieres desinstalar se haga con el mismo wad. 

Basicamente puedes borrar todo y solo meter las aplicaciones que vas a usar (la carpeta apps), y sus respectivas carpetas de configuracion. Si creaste copia de la NAND con bootmii los archvos que debes guardar son: La carpeta bootmii , el archivo keys.bin y el archivo nand.bin