1- Si, CFG puede cargar tanto juegos Wii como GC solo que debes de tener el cargador Nintendont en la carpeta apps y configurar CFG para que los juegos se carguen en él

2- Que yo sepa no existe  ningún gestor como wii backup manager para GC pero si hay un programa llamado DMTool Box con diversas funciones como comprimir la iso del juego. Lo que es transferir al USB eso ya no.

Por cierto, ese Zelda lo puedes jugar mediante virtual console instalando su WAD. Solo que la región NTSC está en inglés y la PAL en español pero es injugable en una Wii NTSC porque va a 50 hz el WAD PAL y las Wii americanas solo sacan 60 hz haciendo que surjan fallos de imagen y sonido. Por internet hay sitios donde han modificado el WAD PAL para instalarlo en una Wii USA sin que se produzcan fallos pero por las normas del foro no puedo ponerte links de descarga. Si quieres mas info sobre esto te puedo comentar en privado si quieres. El Zelda Majora's Mask de GC tiene muchos fallos incluso cuelgues, de hecho, el juego ya te avisa de ello. Por eso es mejor el de virtual console porque va perfecto.