Tengo entendido que no puedes poner roms en el root porque pasa precisamente eso, el emulador se buggea cuando te sales de sus respectivas carpetas, lo que puedes hacer es crear carpetas dentro de las que ya tiene y así puedes entrar y salir, pero salir más de lo que ya tiene siempre se traba.

Si mencionas que antes podías y ahora no (cosa que se me hace demasiado rara), entonces la SD tiene un problema, cosa que también es común con este emulador, si las SD no funcionan de manera óptima este emulador suele buggearse muy fácil, intenta usar otra tarjeta para descartar que sea este error.

Saludos.