Los USB flash se sabe bien que da problemas con Wii, no le gusta este tipo de pendrives. Para el uso de las apps de homebrew es mejor una tarjeta SD.

Me he topado con este error al usar el cargador GX en diferentes USB y la conclusión que llegué es que el cargador solo los detecta si la partición está configurada como partición primaria. Tendrás que volver a formatearlo pero esta vez debes hacerlo mediante cmd de Windows usando el comando diskpart (en internet hay muchos tutoriales de como hacerlo). Es algo que personalmente me molesta de este cargador, que te obligue a tenerlo como partición primaria porque no le encuentro mucho sentido en pendrives con pocos gigas ya que normalmente vas a usar una sola partición y nada más. En disco duros al tener mucho más almacenamiento lo veo lógico tener varias particiones y ajustar como primario la partición que vayas a usar pero en pendrives lo veo innecesario. El cargador CFG no tiene este problema.