Las partidas de los juegos de Wii siempre se guardan en la memoria de la consola, por lo que en este caso, la USB sirve únicamente como lectura, nada le podrá pasar.

Respecto a los emuladores, casi siempre guardan en la SD, si es que no tienes SD o estás corriendo las apps en la USB, entonces ahí van a guardar, pero estos archivos generalmente pesan muy poquito. En caso de que se llene tu memoria, no le va a pasar nada, simplemente ya no va a poder escribir, lo que va a ocasionar que no puedas guardar datos nuevos hasta que le hagas espacio.

Saludos.