Gracias por responder Link.

¿Podrías decirme cómo hacer eso? Llevo muchísimo lío a la hora de instalar Cios, ios, bases y todo ese tinglado, nunca se si lo estoy haciendo bien jajaja.

En Pimp my Wii por ejemplo se que se pueden instalar pero no se muy bien como. En la primera opcion te deja elegior IOS (que no Cios), ¿ahí debería seleccionar 249? Luego ponerle la base 38, elegir si hermes u otro y ¿luego de nuevo 249?

Para dar más datos, uso GX Loader en su última versión (un mod que sacaron actualizado, 1281 si mal no recuerdo), no utilizo ninguna configuración dentro del loader (todo por defecto), archivos wbfs descargados del repositorio de MarioCube y un buen disco duro (el anterior era WD, el de ahora es Seagate) de 500GB en formato FAT32, el anterior wbfs. 

Los juegos que he probado son: Mario Kart (igual me deja terminar una copa que no antes de congelarse), DDR Hottest Party 5 (se cuelga en una de las primeras cuatro-cinco canciones), Max and the Magic Marker (a veces ni carga), Kirby Epic's Yarn (se cuelga aleatoriamente), Kirby's Dreamland (igual que el anterior), Pepa Pig (ni carga) y no recuerdo cual más. Tengo bastantes más pero no he probado lo suficiente como para saber si se cuelga o no, aunque los que he probado no lo hicieron.

Juraría que hace dos años cuando modifiqué la Wii usaba los Hermes (no podría asegurarlo) y funcionaba todo bien, solo se colgaba en ocasiones uno de los Kirbys y no funcionaba MH Tri (por si te sirve de dato) pero es ahora cuando estoy teniendo todos los problemas. 

He hecho una copia de la nand, formateada con el programa este de Swarzenegger o como se llame y lo tengo todo listo para dejarla de "fábrica" por si hiciera falta (aunque no encuentro mi mando de Cube xD), a ese punto he llegado de desesperación jajaja.

¿Tienes alguna idea, en base a tu experiencia, de lo que podría ser? ¿Es posible que justo esos juegos, por lo que sea, den fallos?

Muchísimas gracias por tu tiempo.

EDIT: Probé a instalar la versión 6 como dijiste en el 38 y el problema persistía. He hecho lo mismo pero con la v11 y DDR, que era donde habitualmente se colgaba, hemos probado 10 canciones sin ningún problema. Ahora estamos probando Mario Kart Wii (se suele colgar entrando y saliendo del online o en el tercer/cuarto circuito, o sea, te jodía el progreso xD). Con lo que sea vuelvo a editar el post con lo que ocurra pero si se ha solucionado te como los morros ;). Un error puntual no pasa nada pero este problema persistente fastidia mucho los progresos en los juegos.

EDIT 2: Hemos estado jugando media hora a Mario Kart Wii en distintos modos y situaciones y cero problemas. Sin embargo Kirby Epic's Yarn se ha colgado en la pantalla de carga de una fase, estoy probando ahora a forzar modo PAL 60 como he leído por el foro y ahora ha pasado esa pantalla. Veremos a ver.... Muchas gracias por tu ayuda Link, te iré comentando.

EDIT 3: Nada, DDR Hottest Party 5 se sigue colgando. Creo que todo sigue igual que antes por desgracia. Todas las wbfs son europeas salvo un par de la que solo hemos probado una (y funcionaba). También carga correctamente los juegos de Cube desde GX Loader. No se me ocurre nada más salvo que sea un backup malo o yo que se. ¿Hay manera de mirar si el backup está corrupto o no es usable?