Primero, me alegro mucho que hayas podido recuperar la Wii y que tus instintos en el uso de la App te hayan llevado a que intentaras a ver que sucedía. 

Responderé tus dudas conforma han sido escritas, partiendo primeramente por aclarar que si existe una versión de WAD Manager con soporte de mandos de GC. Esa versión es un MOD de la aplicación oficial que simplemente le brinda soporte para eso. Que lo he usado varias veces y por eso lo sé. Seguramente la versión que descargaste no era la que tenía el soporte, pero vamos, da igual, lo importante es que se solucionó el problema y ya puedes utilizar la consola.

Entiendo que esos WADs están instalados dentro del disco de la Wii del cual me encantaría conocer su capacidad y su espacio disponible.

En este sentido tienes una confusión, porque la wii no tiene disco duro, más bien es una memoria interna. En este caso todo archivo que modificas en la Wii de manera interna está todo alojado dentro de la memoria.

FCE ULTRA GX y USBLoaderGX son otros WADs, pero no las veo dentro de The Homebrew Channel, aun así se que estan instaladas.

Comúnmente existen dos formas de instalar un archivo WAD. Ambos se instalan como Canal, que es lo que ves en el menú de la consola al iniciar, pero su diferencia es que. Uno se instala un WAD que en si viene siendo un acceso directo a la aplicación que debe estar en la tarjeta SD. Esto se hace para no tener que entrar a cada rato al HBC e iniciar la app, osea, para que la app se cargue más rápido. La otra instalación es un WAD completo, esto quiere decir que se instala de esa manera, el archivo pesa más en la memoria que el acceso directo, pero no necesitas que la app en sí este en la tarjeta SD, porque todas sus funciones están instaladas. A lo canales que son accesos directos a las apps, se les conoce como Forward y el otro es un WAD completo. Lo más probable es que esos canales si has entrado pero no han cargado nada y simplemente se ha reiniciado la Wii, es que sean ese acceso directo y la consola se reinicia al no encontrar la app en la SD.

¿Como veo donde estan instalados? Por ejemplo quiero desinstalar ExciteBike y tal vez el de Super Mario Bros. 3-

Debes ir al icono de engranaje ahí mismo en la Wii, y luego a gestión de archivos, luego Canales y de ahí pinchas los canales disponibles que tengas y los borras pinchando encima.

¿Se pueden desisntalar los canales built-in como Canal Tiempo, Canal Noticias, Mii Channel, etc?

Se puede, pero no hace gran diferencia en cuanto a peso en el sistema. Para eso se debe utilizar una app bien especifica que se llama Any Title Deleter, con esa app puedes desinstalar esos canales. Si quisieras mover esos canales, puedes posicionarte con la mano del Wii remote encima de un canal, presionar el botón A + B del mando y mantener presionados, el canal se desplegaria de su base y podrías moverlo al final del menú.

-Conocer que está instalado y que versiones, ejemplo:   HBC, BootMii, Boot2, Forwarder Channel <-------no se ni lo que estoy diciendo

Lo que te aconsejo ahora es actualizar la consola a versión 4.3 y luego de ellos instalar los cIOS y luego los programas para cargar backups. Luego de esto totalmente recomendado instalar Priiloader, el sucesor de Preloader que te permitió recuperar la consola. La verdad es que Bootmii funciona siempre y cuando la consola sea compatible para realizar una copia de la NAND de lo contrario no vale ni la pena tenerlo. En lo personal, prefiero Priilaoder que bootmii, pero bueno, también sé lo que hago y no le meto mano a cosas que podrían ser perjudicial para la consola.

-Backup de la NAND, ya que estuve leyendo que es muy importante.

Esto hace referencia a lo mismo de arriba. Si la consola es compatible para instalar bootmii y realizar la copia de la nand bien, de lo contrario mejor no perder tiempo.

-Actualizar a la version 4.3U

Definitivamente, como primer paso. Ten en cuenta que primero descarga el Hackmii Installer donde puedes reinstalar el HBC a su última versión, ver si puedes instalar bootmii y luego que el HBC esté actualizado, haces la actualización a versión 4.3, porque si el HBC no esta actualizado a su última versión, la actualización oficial lo borrará.

-Actualizar a la ultima version de Priiloader

Al reinstalar el menú del sistema se borra el Preloader. Entonces si o si te recomiendo instalar la última versión de Priiloader una vez que hayas instalado los cIOS.

-Actualizar absolutamente todas las apps actualmente instaladas como por ejemplo USBLoaderGX

Borra todo lo que tengas como canal no oficial en la Wii y haz la instalación desde cero del USB Loader como canal completo, puedes descargar el .wad desde esta misma comunidad.

En cuanto a lo otro, puedes contar conmigo, no hay problema. Me paso por esta comunidad cuando saco tiempo libre, pero si yo no puedo, de seguro algún otro compañero podrá resolver tus preguntas. Una vez ya sanjado este tema si tienes dudas sobre un programa, proceso, etc, corresponde crear un nuevo tema del foro, ya que este esta resuleto y así no se confunde a otros que busquen lo mismo y se organiza mejor la web.

EDIT: Estoy investigando ModMii, al parecer  se sigue actualizando y a diferencia Pimp my Wii es mas seguro en cuanto a brickeos

MODMii es una app que te permite descargar cIOS, IOS, canales y un montón de otras cosas más para ser instalados como .wad en su mayoría, es una buena app que recomiendo. Ni esta app ni Pimp my Wii son aplicaciones anti brick, la app antibrick que tienes es justamente Priiloader de la cual comenté más arriba.

Estas apps se ocupan para instalar algunos archivos o actualizar, pero no recomiendo utilizar pimp my wii porque hace un escaneo de todos los IOS y si estos se parchan por no saber utilizar bien la app y no saber que se hace, puedes generar una inestabilidad en la consola, así que mejor ni lo intentes con esa app antes de informarte de su correcto uso.

Para actualizar la consola, te recomiendo ver si aún se encuentra disponible la actualización mediante conexión a Internet y si no se encuentra disponible me escribes por privado y te doy una recomendación para actualizar sin problema a 4.3 sin conexión.

Saludos