Por lo visto tu app de CFG USB Loader es un Forwarder, esto quiere decir que es un acceso directo, la app realmente está en la SD por eso ya no funciona. Solo descarga un canal completo e instálalo, descarga otro para homebrew channel y de ahí lo corres, o buscas de nuevo ese forwarder para guardarlo en la SD nueva y abrirlo como normalmente lo hacías; cualquiera de las tres opciones, aunque la tercera me parece algo difícil ya que tendrías que buscar exactamente la misma versión para ese Forwarder.

Con lo demás, no necesitas hacer nada más man, las instalaciones pertinentes se hacen al sistema, generalmente la SD guarda configuraciones pero no necesitas hacer más cosas, no pienses en formatear ni actualizar ya que no es necesario (de hecho, por nada del mundo formatees, ya que esto no elimina el hack, podrías dejar tu Wii con un brick difícil o imposible de quitar, si quisieras en algún punto dejar tu Wii como "de fábrica", preguntas antes de hacer algo y te ayudamos).

Si necesitas algo más, con gusto atendemos.

Saludos.