Hay varias soluciones para tu caso:

La primera y persomalmente la más recomendable: actualizar la consola. Es muy probable que se pierda el hack, pero se puede volver a instalar sin problemas. además así estarás enterado de todo lo que le puedas instalar, además de que así puedes jugar por USB. Llegará un punto en el que el lector dejará de funcionar ya que los backups por disco fuerzan más al lector. Puedes preguntar si te pierdes en algún paso.

La segunda: grabar solo backups que no actualicen a 4.2.

La tercera, algo más trabajoso pero llegando a un punto específico, tendrás los beneficios de la primer opción: instalar Homebrew Channel mediante un disco. Hay varias formas de instalarlo con juegos, como lo son el Super Smash Bros Brawl o el Zelda Twilight Princess, una vez instalado el canal Homebrew, instalas Priiloader, esta app aparte de aumentar la seguridad con los bricks, también tiene una opción para bloquear las actualizaciones del disco.

Cualquier duda, comenta con confianza.

Saludos.