Hola, sumado a lo que dice el compañero BYoshi, quisiera sugerir que puedes probar a darle un formateo a bajo nivel a tu disco. A mi me pasó algo parecido una vez con mi HDD de 1 TB; le di un formato a bajo nivel (que duró horas, por cierto) y ya no me ha dado más problemas.

Tu problema no se debe a particiones ni sistemas de archivos, se debe netamente a la calidad de tu disco duro. Lógicamente uno de buena marca tiende a durar más que uno de marcas no tan buenas, pero a la larga a los discos duros mecánicos (HDD) les fallan los cabezales. Revisa los ruidos que hace tu disco: si suenan "clicks" fuertes o extraños, puede que sea problema del cabezal, y ahí no tienes nada que hacer salvo comprar un disco nuevo. Para que lo sepas, los únicos discos que tienen una cantidad de procesos lectura/escritura limitados son los SSD, ya que no contienen partes mecánicas, pero sí una memoria que tiene vida útil. Teóricamente, un HDD podría durar toda la vida, pero todos sabemos que nada dura para siempre, y menos las piezas mecánicas, aunque sí puede durar más que un SSD.

Los programas que usas tampoco "dañan" más rápido un HDD. Como ya te mencioné, un programa no puede dañar una parte mecánica, a no ser que el disco duro sea demasiado antiguo o demasiado malo y esté propenso a fallar (y eso podría pasar en cualquier momento con cualquier programa, no necesariamente con emuladores).

Espero no haberte mareado tanto con detalles técnicos. Pero prueba a hacer lo que te dije primero, de darle formateo a bajo nivel. Si eso no resuelve el problema, tendrás que comprar un nuevo HDD, y de preferencia, de buena calidad.

Saludos.

Los discos duros no duran para siempre, tienen su vida útil desde fallas en la lectura hasta quedarse muerto, las particiones dependiendo de la capacidad del HDD, a partir de 1TB el predeterminado es FAT32, lo ideal sería que formatearas una vez más con el sistema predeterminado que aparece en Windows (NTFS ó FAT32), el formato debe ser completo no rápido, dura horas pero es el mas recomendado, después coloca los backups con Wii Backup Manager y comentas si ha funcionado.